2024年全国享受研发费用加计扣除的企业超50万家，降费减税8069亿元。然而最大的配资网站，随着监管力度升级，2024-2025年多地税务机关通报了众多研发费用违规案例，涉及补税、罚款金额动辄超千万元。
本文聚恒通过剖析8大研发费用加计扣除典型稽查案例，揭示企业高频风险点，为合规申报提供实战指南。
01
8大研发加计扣除稽查案例风险解析
案例1：研发项目被认定为非研发活动，定性偷税
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无锡一电子科技公司，IT180A汽车板推广专案'等7个项目实际属于对原有材料的性能改善、提升等，而非新开发，不应适用税前加计扣除政策，被定性为偷税，要求补税80多万元，并处以40.87万的罚款。
风险分析与应对：
聚恒解读，根据《财政部 国家 税务总局 科技部关于完善研究开发费用税前加计扣除政策的通知》第二条明确规定了以下项目不能加计扣除：
1、企业产品（服务）的常规性升级。
2、对某项科研成果的直接应用，如直接采用公开的新工艺、材料、装置、产品、服务或知识等。
3、企业在商品化后为顾客提供的技术支持活动。
4、对现存产品、服务、技术、材料或工艺流程进行的重复或简单改变。
5、市场调查研究、效率调查或管理研究。
6、作为工业（服务）流程环节或常规的质量控制、测试分析、维修维护。
7、社会科学、艺术或人文学方面的研究。
研发活动，是指企业为获得科学与技术新知识，创造性运用科学技术新知识，或实质性改进技术、产品（服务）、工艺而持续进行的具有明确目标的系统性活动”。结合该定义，《2.0版指引》中将其进一步明确和细化为三大要素，具体列示如下：
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案例2：虚构委托研发偷税案
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2024年10月，上海一生物科技公司2023年虚构与外部机构的委托研发合同，虚增研发费用1050万元，未提供外包成果所有权证明及付款凭证。追缴税款206万元，罚款及滞纳金合计376万元。
风险分析与应对：
根据财税〔2015〕119号规定，委托研发按实际发生额80%加计扣除，且受托方不得享受重复扣除。
委托研发合同需明确研发内容、成果归属（必须约定归委托方所有）、付款节点（按进度支付），并取得受托方出具的《费用分摊明细表》；留存知识产权证书、第三方成果鉴定报告。
案例3：未准确归集，超范围列支研发费用
2024年2月，国税局公布一新疆设计研究院公司，研发费用中包含并未实际参与研发的董事长、法人代表等的工资、差旅费等，造成少缴企业所得税138,960.87元，被定性为偷税，处百分之五十罚款69,480.44元。
风险分析与应对：
多列支高管人员工资、差旅费、社保费、医保费不属于研发费用范围内的会计科目，超出政策规定的具体范围的研发费用不能加计扣除。聚恒建议企业应按照对研发支出进行会计处理；同时按研发项目设置辅助账，准确归集核算当年可加计扣除的各项研发费用实际发生额。企业在一个纳税年度内进行多项研发活动的，应按照不同研发项目分别归集可加计扣除的研发费用。
案例4：虚报研发费用，查补1354万元
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2025年1月，山西一公司2024年通过伪造电表读数、虚构研发材料领用单据，虚增动力电费及材料费670万元，违规享受加计扣除。稽查发现其纸质单据缺失，能耗数据与生产系统严重不符。追缴税款796万元，加收滞纳金及罚款共计1354万元。
风险分析与应对：
根据财税〔2015〕119号要求研发费用“真实发生、单独核算”，国家税务总局公告2017年第40号明确需留存分项计量证据。
企业应确保研发费用的真实性，研发用电需安装独立电表，每月生成《研发用电明细表》，并与能源管理系统数据交叉核对；材料领用需采用带二维码的电子领料单，注明研发项目编号、用途及领用人。
案例5：生产与研发费用混同，补税并罚款
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2024年7月，宁波某企业将生产材料298.7万元、后勤人员工资100.5万元计入研发费用，未按工时分配共用资源。最终补税100.6万元+滞纳金，罚款50.3万元。
风险分析与应对：
对于很多中小企业来说,研发和生产联系是非常紧密的,资源共用的情况非常普遍。根据《财政部 国家税务总局 科技部关于完善研究开发费用税前加计扣除政策的通知》第三条规定，企业应对研发费用和生产经营费用分别核算，准确、合理归集各项费用支出，对划分不清的，不得实行加计扣除。
生产和研发共用资源的分配方式和方法：一是做资源使用记录，二是按实际占用的工时等合理的方法进分配，未分配的不得加计扣除。比如研发人员直接从事研发活动的人员、外聘研发人员同时从事非研发活动的，企业应对其人员活动情况做必要记录，并将其实际发生的相关费用按实际工时占比等合理方法在研发费用和生产经营费用间分配。
案例6：特殊收入未冲减研发费用被税务稽查
2024年，长春某企业未将研发产生的废料收入227.1万元冲减研发费用，导致多计加计扣除金额，因理解税收政策不准确，最终补缴税款+滞纳金。
风险分析与应对：
根据《国家税务总局关于研发费用税前加计扣除归集范围有关问题的公告》第七条第二项之规定，企业取得研发过程中形成的下脚料、残次品、中间试制品等特殊收入，在计算确认收入当年的加计扣除研发费用时，应从已归集研发费用中扣减该特殊收入。
此案在实际工作中具有普遍性，直接投入费用在归集的过程中，很多企业容易忽视两个细节，一是对外销售研发活动形成的产品对应的材料费用不得加计扣除；二是特殊收入需要冲减研发费用。
对于上述两个细节，需要考虑行业属性，行业属性不同其评判标准也各不相同。企业研发活动直接形成产品或作为组成部分形成的产品对外销售的，研发费用中对应的材料费用和研发过程中边角废料等特殊收入都须扣减。
案例7：未设置辅助账，纳税评估全额剔除
某科技公司立项并开展研发活动项目22个，研发费用900多万元，但该企业在财务处理上仅仅在材料领用环节注明研发活动使用领料，后续未作任何的核算，更没有专账核算，因此在纳税评估中被税务机关全额剔除
风险分析与应对：
在研发费用加计扣除纳税申报优惠备案过程中，需得将研发支出辅助账填写齐全，否则将会备案失败，无法享受这个税收优惠。
研发费用加计扣除按照国家税务总局2015年第97号公告和2021年第28号，对享受加计扣除的研发费用按研发项目设置辅助账，准确归集核算当年可加计扣除的各项研发费用实际发生额，企业在一个纳税年度内进行多项研发活动的，应按照不同研发项目分别归集可加计扣除的研发费用。
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案例8：委托研发合同未备案，导致补税滞纳金1546万
2024年2月，北京一科技有限公司，委托研发项目未在科技部门备案，涉及金额8775.78万元；混淆研发与开发概念，将非实质性技术改进费用纳入加计扣除。最终处罚：调减加计扣除额8775.78万元，补缴税款及滞纳金1546.21万元。
风险分析与应对：
未申请认定登记和未予登记的技术合同，不得享受国家对有关促进科技成果转化规定的税收、信贷和奖励等方面的优惠政策。
委托研发需签订“四要件”合同（项目名称、费用结算、成果归属、备案条款），并于科技部门登记。
区分“研发”与“开发”标准，仅对符合“实质性创新”的活动归集费用。
02
如何确保研发加计扣除合规？
企业要想安心享受研发费用加计扣除优惠，需要注意研发费用的合规性处理，聚恒建议大家从以下几个方面来加强税务风险的防控。
01 严格把控研发费用加计扣除政策
行业与活动合规性核查
排除负面清单行业（烟草制造业、住宿和餐饮业、批发和零售业、房地产业、租赁和商务服务业、娱乐业等），确保研发活动属于技术创新范畴，避免常规性升级、技术直接应用等不适用情形。
研发费用精准核算
人员人工：区分研发与后勤、管理人员，核查工资薪金、五险一金分配合理性，比对个税申报与薪酬发放记录。
直接投入：建立材料领用台账，区分研发与生产用途，确保中间试验、试制费用核算准确。
折旧与摊销：共用设备按工时/产值分摊费用，核查加速折旧合规性，避免房屋折旧等非研发支出混入。
其他费用：严格限定政策允许范围，避免超标列支。
规范辅助账管理
按项目设置“研发支出”辅助账，确保与财务账、税务申报表数据一致，避免跨年度归集混乱。对多项目共用的仪器设备、场地等，建立分摊依据。
02 关注研发费用与高企认定口径差异
在高新技术企业认定与研发费用加计扣除的计算中，研发费用的口径存在差异。以“其他相关费用”为例，相较于高新技术企业认定的标准，可享受研发费用加计扣除的其他相关费用范围较宽，且比例不同，详见下表的比较。因此，聚恒建议不管是在认定高新技术企业，或者在核算研发费用加计扣除，企业都应当准确区分不同口径的费用归集，正确地适用相应的政策。
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03 识别潜在风险信号
（一）委托、合作研发的项目合同未经科技行政部门登记
（二）因享受研发费用加计扣除导致企业所得税退税
（三）研发活动支出占公司同类型总支出比例过高
1.直接从事研发费用人员的工资薪金全公司人员工资薪金总额的比例过高
2.直接从事研发费用人员的五险一金占全公司人员五险一金总额的比例过高
3.研发活动直接消耗的材料、燃料和动力费用占全部加计扣除金额比例过高
4.研发费用占收入总额比例过高
（四）研发人员存在异常
1.研发立项报告人员和专利证书人员不一致，且专利证书人员不是本公司编制；
2.研发人员工时、工作内容相近但时薪相差较高
（五）研发材料或者耗材存在异常情形
1.研发领用材料未实际投入研发活动；
2.研发回收废料未冲减研发费用支出；
04 积极整理备查所需的资料
1.研究开发项目计划书、决议文件；
2.研究开发专门机构或项目组的编制情况和研发人员名单；
3.经科技行政主管部门登记的委托、合作研究开发项目的合同，科技行政主管部门一般是指技术合同登记机构（针对的是存在委外研发、合作研究开发情形）；
4.从事研发活动的人员（包括外聘人员）和用于研发活动的仪器、设备、无形资产的费用分配说明（包括工作使用情况记录及费用分配计算证据材料）（比如采用按工时分配的，需提供工时分配表等）；
5.“研发支出”辅助账及汇总表（务必准备）；
6.企业如果已取得地市级（含）以上科技行政主管部门出具的鉴定意见，应作为资料留存备查；
7.税局要求的其他资料。
需要注意的是，按照《国家税务总局公告2018年第23号》文件要求，企业留存备查资料应从企业享受优惠事项当年的企业所得税汇算清缴期结束次日起保留10年。
企业研发证据链完善
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研发费用加计扣除是企业的核心税收红利，但合规性要求极高。建议企业建立一个完整有效的“研发证据链”体系，确保企业研发费用符合税法规定的同时，充分享受加计扣除等政策优惠。如果您有更多问题，欢迎随时联系我们，聚恒财税将竭诚为您服务！
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编辑：聚恒财税
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